质谱研究中，一个常见挑战是如何区分真实生物学事件与背景信号。对于未知裂解产物、低丰度修饰或复杂体系中的新信号，传统阴性对照往往无法完全排除天然同位素分布、样品杂质、自发降解或分析过程引入的干扰。因此，仅凭“有”或“无”的比较，往往难以建立充分可信的证据。

针对这一问题，化学生物学平台负责人朱奕颖建立了一种基于氧-18稳定同位素的阶梯式（stepped）标记策略。与传统依赖单一阴性对照的验证方式不同，该方法通过引入氧-18标记，并设置多个同位素条件，观察目标信号是否呈现理论预测的渐进式变化规律。只有符合预期行为的信号，才能被视为真实生物学过程产生的证据。

以淀粉样蛋白β（Aβ）氧化裂解为例，新生成的肽段C末端会引入氧-18标记，从而在质谱中产生可预测的质量偏移。当氧-18比例逐步提高时，真实裂解产物会表现出相应的阶梯式变化，而背景信号、天然同位素峰或预存杂质则不会遵循这一规律。通过这种设计，原本难以解释的单个检测信号被转化为一组受到实验约束的证据链。

从方法学角度看，氧-18标记不仅提供了额外的信息维度，也构成了对传统匹配对照（matched controls）的重要改进。研究者关注的不再只是信号是否存在，而是信号是否按照理论预测的方式变化。通过将“存在性验证”扩展为“行为验证”，该策略显著提高了复杂质谱数据解释的可信度。

这一工作体现了一种更普适的分析思路：当传统对照不足以提供明确答案时，可以通过设计具有预期行为的阶梯式实验条件（stepped conditions），利用信号是否遵循理论预测来构建证据。该理念不仅适用于蛋白裂解研究，也可推广至未知蛋白修饰鉴定、抗体特异性评价、生物标志物发现等多种质谱分析场景。

文章信息：Zhu Y. Protocol for quantifying the oxidative cleavage of amyloid-β using oxygen-18 isotope labeling and LC-MS/MS. STAR Protocols, 2026.  https://doi.org/10.1016/j.xpro.2026.104413