使用蛋白质组学质谱数据处理软件如Skyline对带有聚糖的肽段进行定量时，存在一个痛点，即软件靠翻译后修饰的质量为标识符，而不同糖肽链接的聚糖异构体会被视作同一肽段，导致定量不准确。为解决此问题，化学生物学平台朱奕颖博士建立了一种区分糖同分异构体的新方法。该方法通过计算机模拟使用相似质量同位素替换待定量的聚糖异构体的结构异构体中的同位素，得到化学式和质量发生改变的模拟聚糖异构体，然后基于质谱数据对所述模拟聚糖异构体进行定量，得到不同结构异构体的定量结果。
化学生物学平台使用此新方法对肝癌患者血清与正常人血清中的含唾液酸的糖肽进行了分析。通过质谱分析用pGlyco糖肽搜索软件共鉴定到1218条糖肽。经过对1218条糖肽中的聚糖异构体进行质量微调加以区分，再用Skyline软件将鉴定到的糖肽全部定量，结果显示糖肽无缺失值，最终获得315条糖肽在肝癌与正常人血清中的改变大于2.5倍。所建立的通过计算机模拟替换相近质量同位素区分聚糖结构异构体方法可以有效地区分不同糖肽链接聚糖异构体，同时能够准确且无缺失值的对鉴定得到的糖肽均进行定量和差异分析。
发明专利“通过计算机模拟替换相近质量同位素区分聚糖结构异构体的方法”于2023年6月获得授权。
