化学生物学平台蛋白质组学机组在蛋白质组学技术领域取得重要进展。作为实验室在蛋白质组学技术系列探索的重要突破，本研究通过大规模系统比对，为蛋白质组学研究提供了关键的方法学依据。在国际上首次完成了质谱（MS）与反向蛋白阵列（RPPA）的大规模系统比较。研究不仅证实了两种技术的互补性，更重要的是发现了它们在蛋白表达量变化检测方面具有强相关性。这一方法学突破为大规模蛋白质组数据的可靠性提供了有力支持，展现了多技术整合在蛋白质组学研究中的重要价值。

基于方法学创新，研究团队构建了全面的癌细胞系蛋白质组资源库。该资源库涵盖54种代表性癌细胞系，系统整合了10088种总蛋白、7469种磷酸化蛋白上的33161个磷酸化位点、5966种糖蛋白上14228个糖基化位点对应的56320种位点特异性聚糖，以及305个药物相关蛋白及磷酸化蛋白的表达图谱，为癌症机制研究和药物开发提供了高质量的多维数据支撑。

本研究依托分析中心蛋白质组实验室的高分辨质谱平台完成，体现了实验室在蛋白质组学技术整合与肿瘤转化研究方面的核心能力。相关研究成果以“Integrated multidimensional comparison of proteomic profiles across 54 cancer cell lines”为题，发表于Cell Press旗下期刊iScience。研究工作由石文昊、何天龙与王楠共同担任第一作者，朱奕颖为唯一通讯作者，研究获清华大学实验室处创新基金支持。

图1 MS与RPPA大规模技术验证构建癌细胞系蛋白质组资源库